Για την αντιμετώπιση αυτών των προβλημάτων (εκδόσεις αθεώρητων απλών τιμολογίων αγοράς αγροτικών προϊόντων, μη συνενωμένων με τα δελτία αποστολής και χωρίς να αναγράφεται ο προορισμός για τις χρήσεις των ετών 2001 και 2002), υπογράφτηκε η νέα απόφαση του υπουργείου Οικονομικών, με την οποία, δίνονται νέες οδηγίες στις ΔΟΥ για την επιστροφή του ΦΠΑ σε αγρότες του ειδικού καθεστώτος. Σύμφωνα με την ίδια απόφαση, εφόσον υπάρχουν αντίτυπα τιμολογίων αγοράς αγροτικών προϊόντων με λανθασμένες ενδείξεις (για τον πωλητή, τον προμηθευτή ή τον πελάτη) που έχουν εκδοθεί το έτος 2000, τα οποία δεν έχουν συμπεριληφθεί στις αρχικές αιτήσεις επιστροφής ΦΠΑ αγροτών του ειδικού καθεστώτος που υποβλήθηκαν εμπρόθεσμα εντός του έτους 2001, είτε απευθείας στις ΔΟΥ μέσω συνεταιριστικών ενώσεων, γίνεται δεκτό να υποβληθούν μέχρι 18-12-2001 συμπληρωματικές αιτήσεις επιστροφής ΦΠΑ στη ΔΟΥ που υποβλήθηκαν οι αρχικές αιτήσεις. Παράλληλα με τη συμπληρωματική αίτηση για την επιστροφή ΦΠΑ, οι αγρότες- παραγωγοί του ειδικού καθεστώτος υποχρεώνονται να συνυποβάλλον στις ΔΟΥ υπεύθυνη δήλωση με την οποία θα βεβαιώνουν ότι δεν έχουν κάνει χρήση άλλου αντιτύπου του συγκεκριμένου στοιχείου.