Τη συνδικαλιστική δραστηριότητα του προσωπικού της ΕΥΠ επιχειρεί να περιορίσει η κυβέρνηση, αξιοποιώντας τη δυσμενή κριτική που δέχτηκε με αφορμή την υπόθεση Οτσαλάν. Σύμφωνα με τροπολογία που προωθεί το υπουργείο Εσωτερικών, καταργούνται ουσιαστικές διατάξεις του εξουσιοδοτικού νόμου 1264/82 περί συνδικαλισμού και τα όποια, περιορισμένα και σήμερα, συνδικαλιστικά δικαιώματα των υπαλλήλων της ΕΥΠ περιορίζονται σε αυτά που ισχύουν για τους αστυνομικούς, ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις θυμίζουν το συνδικαλισμό της... Ασφάλειας!
Αντί η κυβέρνηση να στρέψει την προσοχή της στον απεγκλωβισμό της ΕΥΠ από τις σχέσεις εξάρτησης με τις ξένες μυστικές υπηρεσίες και να προωθήσει την αναδιοργάνωση της ΕΥΠ με τον ταυτόχρονο εκδημοκρατισμό των υπηρεσιών και του προσωπικού της, επιχειρεί να δημιουργήσει την εντύπωση ότι για τα λάθη και τις αμαρτίες του παρελθόντος ευθύνεται ο... κομματισμός και οι συνδικαλιστές. Ετσι, αποφάσισε να προωθήσει ένα νέο πλαίσιο λειτουργίας των συνδικαλιστικών ενώσεων, καταργώντας κατ' αρχήν τη δυνατότητα των υπαλλήλων της ΕΥΠ να συμμετέχουν σε παρατάξεις. Σύμφωνα με τα σχέδια της κυβέρνησης ο συνδικαλισμός στην ΕΥΠ πρέπει να είναι στενά "υπηρεσιακός" και να ελέγχεται από τη διοίκηση, η οποία θα ορίζει και μια "αρχή", που θα ελέγχει με τη σειρά της τα μητρώα των ενώσεων, τα βιβλία που τηρούν και τις δραστηριότητες των συνδικαλιστών, συμπεριλαμβανομένου και του δικαιώματός τους να ενημερώνουν τρίτους για τα προβλήματα του προσωπικού. Το αμετάθετο καταργείται, ενώ εισάγεται διάταξη που απαγορεύει στους συνδικαλιστές οποιαδήποτε ανάμειξη σε θέματα διοίκησης της υπηρεσίας. Στις απαγορευτικές διατάξεις περιλαμβάνεται επίσης η ρητή απαγόρευση της προβολής θέσεων των πολιτικών κομμάτων, η συμμετοχή σε κομματικές εκδηλώσεις, το δικαίωμα της απεργίας και η συμμετοχή σε τριτοβάθμιες οργανώσεις (ΑΔΕΔΥ).