Η ΕΑΜική αντιπροσωπεία πήγε στη Βάρκιζα με συγκεκριμένες θέσεις, τις οποίες ανέλυσε στη Διάσκεψη ο Γ. Σιάντος, κατά τη δεύτερη μέρα των εργασιών της. Οι θέσεις αυτές είχαν καθοριστεί σε συνεδρίαση της ΚΕ του ΚΚΕ προς το τέλος Γενάρη του '45 και επικυρώθηκαν σε σύσκεψη, που ακολούθησε, παρουσία ηγετικών στελεχών του Κόμματος, αλλά και του Η. Τσιριμώκου. Μάλιστα, όπως γράφει ο Β. Μπαρτζιώτας, τόσο στη συνεδρίαση της ΚΕ του ΚΚΕ όσο και στη σύσκεψη που ακολούθησε συμφωνήθηκε να μην υπογραφεί σε καμιά περίπτωση συμφωνία στην οποία δε θα συμπεριλαμβανόταν όρος για χορήγηση Γενικής Αμνηστίας και αποφασίστηκε να αποχωρήσει η αντιπροσωπεία του ΕΑΜ από τη Διάσκεψη, αν η αντίπαλη πλευρά δε δεχόταν αυτόν τον όρο (Β. Μπαρτζιώτα: «Εθνική Αντίσταση και Δεκέμβρης 1944», εκδόσεις ΣΕ, σελ. 427).

Εν συντομία, οι θέσεις του ΕΑΜ, για το περιεχόμενο που έπρεπε να έχει η συμφωνία, όπως αναλύθηκαν από τον Γ. Σιάντο στη Διάσκεψη, έχουν ως εξής:

• Σε ό,τι αφορά το στρατιωτικό ζήτημα γινόταν αποδεκτή η διάλυση του ΕΛΑΣ, υπό την προϋπόθεση ότι θα συγκροτούνταν εθνικός στρατός μέσα από τακτική στρατολογία, με κριτήριο την ηλικία και χωρίς τη συμμετοχή δοσίλογων, φασιστικών στοιχείων ή δήθεν εθελοντών. Ο στρατός αυτός θα ήταν πλαισιωμένος από στελέχη που δεν ήταν ένοχα δοσιλογισμού ή φασιστικών αντιλήψεων και με τη συμμετοχή βεβαίως των στρατιωτικών στελεχών του ΕΛΑΣ, αλλά και των απλών μαχητών του που πληρούσαν τους ηλικιακούς όρους στράτευσης.
• Αυστηρότατη εκκαθάριση των Σωμάτων Ασφαλείας από τα δοσίλογα και φασιστικά στοιχεία, σύμφωνα με τη δέσμευση του Γ. Παπανδρέου στο λόγο του στο Σύνταγμα στις 18/10/1944.
• Εκκαθάριση του κρατικού μηχανισμού από τους δοσιλόγους και σταμάτημα των διώξεων, που άρχισαν με αφορμή τα Δεκεμβριανά, σε βάρος δημοκρατικών - αριστερών δημοσίων υπάλληλων, με την κατηγορία ότι «ηυνόησαν το κίνημα».
• Χορήγηση Γενικής Αμνηστίας.
• Συγκρότηση αντιπροσωπευτικής κυβέρνησης με τη συμμετοχή εκπροσώπων όλων των παρατάξεων.
• Ταχύτατη διενέργεια εκλογών και δημοψηφίσματος. («Ριζοσπάστης» 6/2/1945).

Τελικά, οι δύο πλευρές κατέληξαν σε συμφωνία, από την οποία απουσίαζε ακόμη και αυτός ο όρος της Γενικής Αμνηστίας, για τον οποίο η ΕΑΜική αντιπροσωπεία ήταν δεσμευμένη από τα όργανα του κινήματος να μην κάνει βήμα πίσω. Ας δούμε όμως τι συνέβη με περισσότερες λεπτομέρειες.