Αντιδράσεις ακόμα και στους κύκλους της Eκκλησίας πυροδοτεί η στάση του αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου, ο οποίος, όπου βρεθεί και όπου σταθεί, απ' όποιο βήμα κάθε φορά έχει στη διάθεσή του, δε χάνει ευκαιρία να εκφράσει άποψη επί παντός του επιστητού. Το τελευταίο «χτύπημα» του αρχιεπισκόπου έγινε από το μικρόφωνο του ραδιοφωνικού σταθμού της Εκκλησίας, σε εκπομπή του οποίου μετέχει μία φορά το μήνα, απ' όπου - εμμέσως πλην σαφώς - καταφέρθηκε εναντίον των αγωνιζόμενων μαθητών, επαναλαμβάνοντας την κυβερνητική προπαγάνδα περί υποκινούμενων και φτάνοντας στο σημείο να κάνει λόγο για «πνευματική αποπλάνηση» των παιδιών.

Ακόμα και ο αποκαλούμενος ως «πνευματικός πατέρας» του αρχιεπισκόπου, ο μητροπολίτης Πειραιώς Καλλίνικος άσκησε έντονη κριτική στον Χριστόδουλο, λέγοντας χαρακτηριστικά «δεν είναι πάπας», ενώ τον κατηγόρησε για λανθασμένες επιλογές. Αφησε δε να εννοηθεί ότι ο Χριστόδουλος επηρεάζεται από διαφόρους κύκλους, λέγοντας «δυστυχώς δεν ακούει, το καταγγέλλω αυτό ευθαρσώς. Δυστυχώς, δε με λαμβάνει υπόψη του και ακούει άλλες απόψεις που είναι πιο χαμηλές».

Ο Καλλίνικος τον εγκάλεσε, λέγοντας πως «είναι υποχρεωμένος να ακολουθεί καθαρώς πνευματική γραμμή», ενώ - προφανώς ενοχλημένος από την ηγετική αυταρέσκεια του αρχιεπισκόπου -τόνισε πως «η Εκκλησία διευθύνεται από όλους και όχι από έναν».