Ενα ζήτημα που αξίζει περισσότερη συζήτηση σχετικά με την κλωνοποίηση, είναι η βιοδιαφορετικότητα, δηλαδή η ύπαρξη εξαιρετικά μεγάλου αριθμού διαφορετικών γονότυπων (γενετικών πληροφοριών) ανάμεσα στα βιολογικά είδη αλλά και μέσα στο καθένα από αυτά (δηλαδή μεταξύ των ατόμων που τα απαρτίζουν). Πραγματικά, μια ευρεία εφαρμογή της κλωνοποίησης θα μπορούσε να επηρεάσει σημαντικά τη βιοδιαφορετικότητα, ιδίως μέσα στα είδη με εμπορική αξία, που θα ήταν προφανώς οι πρώτοι στόχοι. Αν και αυτή τη στιγμή η νέα τεχνική κλωνοποίησης έχει εφαρμοστεί με επιτυχία μόνο σε πρόβατα, δεν πρέπει να θεωρείται μακριά ο χρόνος που θα είναι εφαρμόσιμη και σε άλλα είδη, ακόμα και στον άνθρωπο. Γύρω από τη βιοδιαφορετικότητα έχει ξεσπάσει ένας "ιερός" πόλεμος και συζητήσεις, για στρατιές αυτή τη φορά από κλώνους διάσημων για την ομορφιά τους γυναικών και αντρών.

Η τάση προς τη βιοδιαφορετικότητα, δεν είναι ούτε καθορισμένη από κανένα θεό, ούτε ιερή με κάποιον άλλο μεταφυσικό τρόπο. Η βιοδιαφορετικότητα είναι το αποτέλεσμα της ανάπτυξης της ζωής πάνω στον πλανήτη Γη και πιθανότατα οπουδήποτε αλλού υπάρχει ζωή, είναι έκφραση μιας φυσικής ανάγκης στην πορεία της εξέλιξης των απλών μορφών ζωής σε ανώτερες και πιο σύνθετες. Αν κατά κανόνα οι κατώτερες μορφές ζωής αναπαράγονται αγενώς (χωρίς γένη), ενώ τα ανώτερα είδη, όπως τα φυτά και τα ζώα, αναπαράγονται εγγενώς ή φυλετικά, δηλαδή με συνδυασμό γενετικού υλικού δύο φύλων, αυτό δεν είναι τυχαίο. Η ύπαρξη αρσενικών και θηλυκών στα ανώτερα είδη, δεν οφείλεται σε κανένα παραμύθι με... λάσπη και παϊδια, αλλά στη διαδικασία της εξέλιξης των ειδών, που με κύρια έκφραση τη λειτουργία της φυσικής επιλογής ευνόησε αυτό τον τρόπο αναπαραγωγής σε βάρος του αρχέγονου τρόπου. Τα πρώτα είδη που λόγω κάποιας μετάλλαξης ανέπτυξαν δύο φύλα, βρέθηκαν σε πλεονεκτική θέση, γιατί εξαιτίας της ανάμειξης διαφορετικών γονότυπων, είχαν περισσότερες πιθανότητες να αποκτήσουν τα χαρακτηριστικά (τον φαινότυπο) που χρειάζονταν για να επιζήσουν αντιμετωπίζοντας τις μεγάλες και διαρκώς μεταβαλλόμενες δυσκολίες του φυσικού κόσμου.

Ενα από τα είδη αυτά που αναπαράγονται με συνδυασμό του γενετικού υλικού δύο διαφορετικών ατόμων του είδους, ενός αρσενικού και ενός θηλυκού είναι και ο άνθρωπος. Η απόσταση που τον χωρίζει από την αμοιβάδα είναι τεράστια και δε θα ήταν τέτοια αν αυτός και οι πρόγονοί του δεν είχαν ακολουθήσει - όχι σκοπίμως φυσικά - τον συγκεκριμένο τρόπο αναπαραγωγής. Τώρα ο άνθρωπος φτάνει σε τέτοιο σημείο που να μπορεί να επιλέξει συνειδητά τη συνέχιση αυτού του τρόπου αναπαραγωγής ή την αντικατάστασή του από τον τρόπο αναπαραγωγής των κατώτερων οργανισμών.

Τι σημαίνει λοιπόν η εφαρμογή της κλωνοποίησης στον άνθρωπο; Οσοι αποπειραθούν να τεκνοποιήσουν χωρίς συνδυασμό γενετικού υλικού δύο ατόμων, θα περιοριστούν στο υπάρχον και δοκιμασμένο, δε θα εξερευνήσουν ποτέ τις δυνατότητες του νέου. Η επίπτωση σε επίπεδο κοινωνίας θα είναι μια βιολογική στασιμότητα του ανθρώπινου είδους που θα την πληρώσει αργά ή γρήγορα. Η φυσική ανάδραση θα έρθει με τη συνέπεια και την αδιαφορία που η πλημμύρα πνίγει δικαίους και αδίκους. Θα έχει το πιθανότερο τη μορφή μιας ασθένειας που λόγω του περιορισμού της βιοδιαφορετικότητας μέσα στο ανθρώπινο είδος δε θα υπάρχει κανείς ή ελάχιστοι με οργανισμό ικανό να την αντιμετωπίσουν. Σε μια άλλου τύπου εκδοχή, θα έρθει σαν αποτέλεσμα της διάσπασης του κρίκου της βιολογικής (όχι της αστικής) οικογένειας, με εμφάνιση πρωτόγνωρων ανταγωνισμών μεταξύ των ανθρώπων, ίσως και μεταξύ των φύλων. Οσοι θα έχουν προσπαθήσει να εξασφαλίσουν για τους απογόνους τους το δεδομένο (την καλή υγεία και ευμορφία) θα βρεθούν σε μειονεκτική θέση μέσα σε έναν κόσμο που αλλάζει και θα αλλάζει στους αιώνες των αιώνων.

Και στην παραγωγή, η πιθανότητα εξάλειψης μέσα σε μικρό χρονικό διάστημα ενός ολόκληρου πληθυσμού κλώνων (φυτών ή ζώων) από κάποιο μεταλλαγμένο παθογόνο μικροοργανισμό, κάνει την πλατιά εφαρμογή της κλωνοποίησης να φαντάζει τουλάχιστον αμφίβολη.