Τα Γραφεία της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης θα συνεχίσουν να υπάγονται στην εποπτεία του υπουργείου Παιδείας και δεν μπορούν να μεταφερθούν στις αρμοδιότητες των ΟΤΑ, στα πλαίσια που καθιέρωνε ο β' βαθμός Τοπικής Αυτοδιοίκησης με το νόμο 2043/1992.

Το Στ' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ) έκρινε ότι σύμφωνα με το άρθρο 16 του Συντάγματος η εκπαίδευση παρέχεται από το κράτος και επομένως κρατική θα πρέπει να είναι η οργάνωση της εποπτείας των κρατικών εκπαιδευτηρίων.

Στο ΣτΕ είχε κατατεθεί σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος για την ίδρυση Γραφείου δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης στο νομό Λέσβου. Στο πρακτικό του Ανωτάτου Διοικητικού Δικαστηρίου αναφέρεται ότι ο νόμος 2043/92 υπονοεί πως τα ιδρυόμενα Γραφεία δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης είναι κρατικές αποκεντρωμένες υπηρεσίες του υπουργείου Παιδείας και όχι της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης.