Το θεσμικό ρόλο της Εκκλησίας και το μη διαχωρισμό της από το κράτος, υπερασπίστηκε επί της ουσίας ο αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος, σε συνέντευξή του που μεταδόθηκε από το δορυφορικό πρόγραμμα της ΕΡΤ. Χαρακτηριστική μάλιστα είναι η απάντηση, εκεί που αναφέρεται στη ...μάχη των ταυτοτήτων επί κυβέρνησης Σημίτη και την άρνηση του τότε πρωθυπουργού, να δεχθεί τους εκπροσώπους της Ιεραρχίας. Οπως είπε ο αρχιεπίσκοπος, η άρνηση αυτή θύμωσε την Εκκλησία, διότι «η Εκκλησία στο κάτω κάτω της γραφής είναι ένας θεσμός του έθνους, είναι ένας θεσμός του κράτους μακραίων και ο κάθε ένας πολιτικός, ακόμα και ο πρωθυπουργός οφείλει να τη σέβεται».

Σε άλλο σημείο της συνέντευξης, απαντώντας σε ερώτηση για τη στάση της Εκκλησίας την περίοδο της δικτατορίας, με ύφος απολογητικό και εν πολλοίς υποκριτικό - μια και ελαφρά τη καρδία λέει ότι επικοινώνησε με τον μητροπολίτη Σύρου Δωρόθεο για να του πει ότι καλά κάνει που πάει στη Μακρόνησο, όταν είναι γνωστό ότι από το 1953 - 54 δεν υπήρχαν εξόριστοι εκεί - λέει ότι «η Εκκλησία στο σύνολό της τότε δεν προέβαλε κάποια ιδιαίτερη αντίσταση», αλλά συμπληρώνει: «Αποφασίστε τελικά τι θέλετε, θέλετε η Εκκλησία να έχει λόγο και να υψώνει τη φωνή της ή θέλετε να είναι μουγκή και να κάθεται στη γωνία;».