Αν και η κρίση στο ΚΚΕ εμφανίστηκε με μεγάλη οξύτητα τον Ιούνη του 1990, στην ευρεία Ολομέλεια της ΚΕ, στην οποία συζητήθηκε το Προσχέδιο Θέσεων για το 13ο Συνέδριο, που είχε ουσιαστικά ετοιμάσει και εισηγηθεί όχι το ΠΓ, αλλά επιτροπή που είχε οριστεί από την ΚΕ, τα σημάδια της έντασής της είχαν εμφανιστεί ένα χρόνο νωρίτερα, το 1989, ενώ υπέβοσκε πολύ καιρό πιο πριν. Το 14ο Συνέδριο εκτιμά ότι:

«Εντονη ιδεολογική αντιπαράθεση εμφανίζεται το 1989 με την αποχώρηση μελών της ΚΕ και διάσπαση της ΚΝΕ. Στην πορεία κάτω από την επίδραση των διεθνών εξελίξεων εμφανίζονται τα πρώτα συμπτώματα κρίσης στις εκλογοαπολογιστικές διαδικασίες το 1990. Επιδεινώνεται η κατάσταση στην ευρεία Ολομέλεια και στη διάρκεια της προσυνεδριακής συζήτησης και κορυφώνεται κατά τη μετασυνεδριακή περίοδο» (14ο Συνέδριο, Ντοκουμέντα, σελ. 154).

Η έκτασή της στη συγκεκριμένη περίοδο ήταν μικρότερη απ' αυτήν του 1991, αλλά αυτό δε σημαίνει ότι το ένα γεγονός ήταν ανεξάρτητο από το άλλο. Το 14ο Συνέδριο επισημαίνει ότι «διαμορφώθηκαν δύο αλληλοτροφοδοτούμενα "κέντρα" μέσα στην ΚΕ, τα οποία προκάλεσαν διαδοχικά προβλήματα μέσα στο Κόμμα». (Ντοκουμέντα, σελ. 155). Βεβαίως, τη μεγαλύτερη ζημιά έκανε στην ΚΝΕ.

Τι συνέβη όμως τότε; Είναι γνωστό πως αμέσως μετά το σχηματισμό της κυβέρνησης Τζαννετάκη, ο Κώστας Κάππος, μέλος της ΚΕ του ΚΚΕ και βουλευτής, διαχωρίζει δημόσια τη θέση του από τη συγκεκριμένη επιλογή του ΚΚΕ και του τότε ΣΥΝ και μάλιστα χωρίς προηγουμένως να έχει ενημερώσει το Κόμμα για αυτή του την ενέργεια. Ανεξάρτητα από την οποιαδήποτε γνώμη του στη συγκεκριμένη επιλογή, ήδη εμφανίζεται ανοιχτά και άμεσα μια πρώτη ρωγμή στο ΚΚΕ από τη δημόσια τοποθέτηση του συγκεκριμένου στελέχους. Ισως ακόμη να μη φαινόταν η συνέχεια, η οποία δεν άργησε να έρθει, αφού τον Αύγουστο του '89, παραιτούνται από την ΚΕ οι Νίκος Κοτζιάς και Κώστας Μπατίκας, διαφωνώντας επίσης με τη συγκεκριμένη επιλογή της κυβέρνησης Τζαννετάκη. Αλλά και αυτά τα περιστατικά θα μπορούσαν να θεωρηθούν μεμονωμένα, αν στη συνέχεια δεν ξεσπούσαν ανοιχτά και δημόσια διαφωνίες στο Κεντρικό Συμβούλιο της ΚΝΕ, σχετικά με τις επιλογές του ΚΚΕ και του τότε ΣΥΝ, διαφωνίες με αποφάσεις της ΚΕ της συγκεκριμένης περιόδου, που αφορούν στην τακτική του ΚΚΕ και τη δράση του στο ΣΥΝ. Των διαφωνιών ηγούνται ο Γραμματέας του ΚΣ της ΚΝΕ και μέλος της ΚΕ του ΚΚΕ Γιώργος Γράψας και άλλα στελέχη της ΚΝΕ και η πλειοψηφία των μελών του ΚΣ διαφωνεί με την ΚΕ του ΚΚΕ. Ουσιαστικά τα στελέχη της ΚΝΕ, η πλειοψηφία του ΚΣ της Οργάνωσης, αντιπαρατίθενται ιδεολογικοπολιτικά στο Κόμμα. Η αντιπαράθεση γίνεται δημόσια, με αποκορύφωμα την ομιλία του Γραμματέα του ΚΣ της ΚΝΕ στο 15ο Φεστιβάλ της Οργάνωσης, το Σεπτέμβρη του 1990, η οποία και βρισκόταν σε ευθεία αντίθεση με αυτήν του Γραμματέα της ΚΕ του ΚΚΕ. Η ΚΕ του Κόμματος εκτιμά ότι το πρόβλημα έχει πάρει τέτοιες διαστάσεις που δεν μπορεί να λυθεί από την ίδια την ΚΝΕ. Ετσι αποφασίζει σε Ολομέλειά της (Σεπτέμβρης 1990), στα πλαίσια του Καταστατικού του ΚΚΕ, αλλά και της ΚΝΕ (η ΚΝΕ καθοδηγείται ιδεολογικοπολιτικά από το ΚΚΕ), αλλά και με δεδομένο ότι τα στελέχη της ΚΝΕ, μέλη του ΚΣ, που πρωτοστατούσαν στην αντιπαράθεση με το Κόμμα είναι στελέχη του Κόμματος που δουλεύουν στην ΚΝΕ με χρέωση από το Κόμμα, να οργανωθεί έκτακτο Συνέδριο της ΚΝΕ. Και γι' αυτό το σκοπό όρισε Προσυνεδριακή Επιτροπή από τους γραμματείς των Συμβουλίων Περιοχής και άλλα στελέχη της ΚΝΕ, με καθήκον να αναλάβει ως το Συνέδριο την καθοδήγηση της Οργάνωσης και βεβαίως να προετοιμάσει το Συνέδριο και τη διεξαγωγή του. Επίσης τα μέλη του ΚΣ που δεν περιλαμβάνονταν στην Προσυνεδριακή Επιτροπή πέρασαν στη δουλιά του Κόμματος. Ταυτόχρονα η ΚΕ αποφασίζει ότι σχετικά με τις τεράστιες ευθύνες του Γραμματέα της ΚΝΕ θα καθορίσει τη στάση της από το εάν και κατά πόσο θα σταματήσουν την αντικομματική τους δράση και θα δουλέψουν στα πλαίσια της πολιτικής του ΚΚΕ. Το ίδιο βεβαίως ίσχυε και για τα άλλα μέλη του ΚΣ της ΚΝΕ στη σχέση τους με το Κόμμα.

Μετά τη συγκεκριμένη απόφαση, μερικά ακόμη μέλη της ΚΕ παραιτούνται και αποχωρούν από το ΚΚΕ. Βεβαίως, το μεγάλο χτύπημα το δέχτηκε η ΚΝΕ αφού διασπάστηκε. Και αν για το Κόμμα αυτή η πρώτη διάσπαση στη συγκεκριμένη περίοδο δεν είχε μεγάλες αρνητικές συνέπειες, για την ΚΝΕ ήταν οδυνηρό πλήγμα.

Δε χρειάζεται να επισημάνουμε ότι αυτή η πραγματικότητα δε διαμορφώθηκε την περίοδο που εκφράστηκε, αλλά προϋπήρχε και οξύνθηκε φτάνοντας ως τη διάσπαση της ΚΝΕ, με αφορμή τη μετεκλογική τακτική του Κόμματος το 1989.

Είναι γεγονός ότι η συγκρότηση του ΣΥΝ, η πορεία εξέλιξής του, παρά την κοινή προγραμματική συμφωνία των δυνάμεων που τον συγκροτούσαν, δεν ήταν καθόλου εύκολη υπόθεση από πολλές απόψεις. Πρώτ' απ' όλα από την ίδια την προγραμματική συμφωνία και το σκοπό που αυτή υπηρετούσε, δεν υπήρχε ενιαία αντίληψη από τις συνιστώσες του. Αντικειμενικά αυτό δυσκόλευε την ενιαία δημόσια έκφραση της πολιτικής του απ' όλα τα στελέχη του ή κυρίως ερμηνευόταν ανάλογα με τις θέσεις κάθε συνιστώσας και όχι με βάση αυτό που πραγματικά εξέφραζε. Βεβαίως, το Κόμμα έκανε προσπάθεια να δρα ο ΣΥΝ στη βάση της προγραμματικής του διακήρυξης, αλλά η ΕΑΡ είχε άλλες επιδιώξεις, τη συνέχιση μέσω του ΣΥΝ της αντιΚΚΕ δράσης της. Σ' αυτά συνέτεινε και το γεγονός ότι δεν υπήρχε, (σκόπιμα απο την αντικομματική ομάδα), ενιαία αντίληψη στα στελέχη του ΚΚΕ για το χαρακτήρα του ΣΥΝ και το ρόλο του ΚΚΕ σ' αυτόν. Τα στελέχη που συγκρότησαν την αντικομματική ομάδα (Ανδρουλάκης, Δαμανάκη, Καραγγουλές, Λαφαζάνης κλπ., αλλά και ο ίδιος ο τότε Γραμματέας της ΚΕ, Γρ. Φαράκος), η οποία πέρασε στο ΣΥΝ, έδιναν σ' αυτή την πολιτική συμμαχία στρατηγικό χαρακτήρα, ταυτίζοντάς τη με τον κοινωνικοπολιτικό συνασπισμό των δυνάμεων της αλλαγής. Ουσιαστικά ερμήνευαν το 12ο Συνέδριο και τις αποφάσεις του σύμφωνα με τις σοσιαλδημοκρατικές ιδεολογικοπολιτικές τους πεποιθήσεις. Βεβαίως, αυτός ο πολυκομματικός σχηματισμός δεν είχε τέτοιο χαρακτήρα. Πολύ περισσότερο δεν υπήρξαν αυτή την περίοδο κοινωνικές συμμαχίες. Με δεδομένο ότι σε στρατηγικά ζητήματα (αλλαγή με κατεύθυνση το σοσιαλισμό), κάθε δύναμη είχε τη δική της πολιτική, τη δική της προσέγγιση, δεν ήταν δυνατό να υπάρξει ενιαία στρατηγική - σύμφωνα βεβαίως με τις αποφάσεις του 12ου Συνεδρίου, με βάση τις οποίες το Κόμμα ξεκίνησε στην προσπάθεια δημιουργίας του ΣΥΝ - όλων των δυνάμεων που συγκροτούσαν το ΣΥΝ. Αυτό ήταν υπόθεση προς κατάκτηση μέσα από τη δράση. Από την άλλη η ΕΑΡ αξιοποιούσε το ΣΥΝ για την αντιΚΚΕ δράση της.

Το 14ο Συνέδριο επισημαίνει: «Από την πρώτη στιγμή της ίδρυσης του ΣΥΝ και ιδιαίτερα στην πορεία, έπρεπε να γίνεται βαθύτερη ανάλυση για το τι εκπροσωπεί στην πραγματικότητα αυτός ο συνασπισμός που δημιουργήθηκε με τη συγκεκριμένη σύνθεση και σε δοσμένες συνθήκες. Και από την άλλη, ποιος είναι ο ρόλος του ΚΚΕ μέσα στο Συνασπισμό, σε συνδυασμό με τη διατήρηση της αυτοτέλειάς του. Ενώ ο ΣΥΝ ξεκίνησε με ρεαλιστική εκτίμηση για τις δυνατότητές, αλλά και τις δυσκολίες που θα εμφανίζονταν, εξαιτίας των δυνάμεων που τον αποτελούσαν, στην πορεία προβλήθηκαν, κυρίως από τα στελέχη που αποχώρησαν, απόψεις ότι ο φορέας αυτός με τη συγκεκριμένη σύνθεσή του είναι μονόδρομος για το ΚΚΕ. Καλλιεργήθηκαν αυταπάτες ότι αυτό το σχήμα, παρά τις διαφωνίες σε βασικά προγραμματικά ζητήματα που υπήρχαν ανάμεσα στις συνιστώσες του, ταυτίζεται με τον στρατηγικής σημασίας συνασπισμό των δυνάμεων της αλλαγής με κατεύθυνση το σοσιαλισμό, για την αναγκαιότητα του οποίου με εύστοχο τρόπο είχε μιλήσει το 12ο Συνέδριο».

Οι δυσκολίες τις οποίες είχε προβλέψει το 12ο Συνέδριο για την πορεία του ΣΥΝ υποτιμήθηκαν από την ΚΕ του ΚΚΕ. Ετσι παρουσιάστηκαν διαφορετικές προσεγγίσεις, από στελέχη του ΚΚΕ, από μέλη της ΚΕ όχι μόνο ως προς το χαρακτήρα του, την προοπτική και το ρόλο του, αλλά και ως προς την πορεία του και τις προϋποθέσεις αποτελεσματικής δράσης του, γεγονός που φάνηκε στην πορεία, όταν αποφασίστηκε η οργανωτική και προγραμματική ανασυγκρότησή του σε Πανελλαδικό Σώμα με εκλεγμένους αντιπροσώπους. Τα στελέχη του ΚΚΕ που μετά τη διάσπαση προσχώρησαν σ' αυτόν, επιδίωκαν την ανασυγκρότησή του σε κόμμα, επιχειρηματολογώντας ότι ήταν αναγκαίο για να συμβάλει αποφασιστικά στην προοπτική ανασυγκρότησης του προοδευτικού πολιτικού χώρου (βλέπε ΠΑΣΟΚ), προκειμένου να προκύψει προοδευτική κυβέρνηση, για τον εκσυγχρονισμό της πολιτικής, της κοινωνίας κλπ., κλπ. Ο Ανδρουλάκης, ως ο πιο ακραίος και αυθεντικός εκφραστής αυτής της αντίληψης, δε δίσταζε να μιλά για υπέρβαση και των δύο «προοδευτικών» χώρων, του ΣΥΝ και του ΠΑΣΟΚ, προκειμένου να συγκλίνουν στη μεγάλη «Αριστερά» για την αλλαγή.

Σ' αυτή τη στρατηγική χάραζαν ρότα, ταυτίζονταν με την ΕΑΡ και επεξεργάζονταν από κοινού τακτική. Η πολιτική της «Περεστρόικα» στην ΕΣΣΔ, που ήταν το όχημα των ανατροπών των σοσιαλιστικών καθεστώτων, αποτελούσε το ιδεολογικοπολιτικό τους όπλο, προκειμένου να «μεταρρυθμίσουν» και το ΚΚΕ, για να «ανανεωθεί», όπως ανανεώνονταν τα Κομμουνιστικά Κόμματα στα σοσιαλιστικά κράτη και αλλού, αλλά και το ίδιο το σοσιαλιστικό σύστημα. Η δράση τους σ' αυτή τη βάση ήταν πιο έντονη όσο εξελισσόταν η διαδικασία των ανατροπών. Και αποφάνθηκαν ότι δε χρειάζεται ΚΚΕ.

Βεβαίως από την άλλη πλευρά, τα στελέχη της ΚΕ που αποχώρησαν το 1989, και που στην ουσία χρησιμοποιούσαν την ΚΝΕ ενάντια στο Κόμμα, παίρνοντας ως αφορμή την τακτική των οπαδών της διάλυσης του ΚΚΕ, ανέπτυσσαν τη δική τους φραξιονιστική δράση. Ουσιαστικά αρνούνταν τις συμμαχίες, αφού δε συμφωνούσαν με το ΣΥΝ, όπως τον επεξεργάστηκε το 12ο Συνέδριο. Αντιπαρέθεταν τις κοινωνικές συμμαχίες στις πολιτικές, τακτική που στην πράξη ακύρωνε την ουσία της πολιτικής συμμαχιών του ΚΚΕ, παρά τις όποιες παραλείψεις και λάθη υπήρξαν στην εφαρμογή της από το Κόμμα τη συγκεκριμένη περίοδο, όπως βεβαίως διαπιστώνονται αυτά στις εκτιμήσεις του 14ου Συνεδρίου.

Ετσι στο Κόμμα είχαν διαμορφωθεί «απόψεις, από τη μια μεριά μικροαστικού αριστερισμού, και από την άλλη αλλοίωσης, υπέρβασης, του χαρακτήρα και των αρχών του Κόμματος» (14ο Συνέδριο, Ντοκουμέντα, σελ. 155).

Η ανάπτυξη και διεξαγωγή της φραξιονιστικής πάλης αυτών των δύο ομάδων επέδρασε στην όξυνση της κρίσης στο Κόμμα έτσι που να οδηγηθεί στα πρόθυρα της διάλυσης.