Σύμφωνα με απόρρητο έγγραφο της Α11 Διεύθυνσης ΚΕΠΠΑ του ελληνικού υπουργείου Εξωτερικών, το οποίο μεταξύ άλλων κοινοποιείται στα διπλωματικά γραφεία του πρωθυπουργού και του υπουργού Εξωτερικών, η Κύπρος έχει εξ ολοκλήρου αποκλειστεί από την Ευρωπαϊκή Πολιτική Αμυνας και Ασφάλειας (ΕΠΑΑ). «Οπως κατ' επανάληψη έχει εκτεθεί, αναφέρει το έγγραφο που έχει στη διάθεσή του ο "Ρ", τόσο προ της ολοκλήρωσης των διαπραγματεύσεων όσο και μετά το Συμβούλιο της Κοπεγχάγης, η εξαίρεση της Κύπρου από τη Συνεργασία ΕΕ - ΝΑΤΟ θα δημιουργούσε σοβαρά προβλήματα στην ΕΠΑΑ. Είναι πλέον σαφής η τάση περιορισμού της συμμετοχής της Κύπρου στην ΕΠΑΑ. Οι απόπειρες προς αυτή την κατεύθυνση φθάνουν σε ακραίο σημείο, όπως παραδείγματος χάριν, η απαίτηση να μην κοινοποιηθούν στην Κύπρο βασικά επιχειρησιακά κείμενα της ΕΠΑΑ με το επιχείρημα ότι στις βιβλιογραφικές παραπομπές γίνεται αναφορά σε ΝΑΤΟικά κείμενα».

Σύμφωνα με τις εκτιμήσεις της αρμόδιας διεύθυνσης του υπουργείου, όπως καταγράφεται στο απόρρητο έγγραφο «τα προβλήματα ως προς το ζήτημα αυτό θα εμφανίζονται με ολοένα και μεγαλύτερη συχνότητα και σοβαρότητα». Η εκτίμηση αυτή, θα πρέπει να σημειωθεί, επιβεβαιώθηκε και χτες στις Βρυξέλλες, καθώς η Κύπρος αποκλείστηκε από τις συζητήσεις των υπουργών Εξωτερικών και Αμυνας για το σχεδιασμό της ευρωπαϊκής στρατιωτικής επιχείρησης στην ΠΓΔΜ.

Με δεδομένη την «κολοβή» ένταξη της Κύπρου στην ΕΕ, οι τεχνοκράτες του ελληνικού υπουργείου Εξωτερικών αναζητούν τρόπους για την αντιμετώπιση των προβλημάτων που συνεπάγεται η μη ισότιμη συμμετοχή της Κύπρου στην ΕΕ. «Απώτερος στόχος, αναφέρεται στο απόρρητο έγγραφο, είναι να αποτραπεί η εξαίρεση της Κύπρου από όλο το φάσμα της ΕΠΑΑ και, ενδεχομένως, και από την ΚΕΠΠΑ και άλλες δράσεις της ΕΕ που αφορούν σε άλλους πυλώνες». Αξίζει να υπογραμμιστεί ότι, όπως αναφέρεται στο έγγραφο, αυτή η λογική της εξαίρεσης της Κύπρου από τη στρατηγική συνεργασία ΕΕ και ΝΑΤΟ έχει θεσμοθετηθεί καθώς περιγράφεται στις επιστολές που πρόσφατα αντάλλαξαν ο ΓΓ του ΝΑΤΟ και ο επίτροπος αρμόδιος για την ΚΕΠΠΑ Χ. Σολάνα. «Θα πρέπει συναφώς να σημειωθεί, αναφέρει σε άλλο σημείο το έγγραφο του υπουργείου Εξωτερικών, ότι η επιχειρηματολογία μας εν προκειμένω είναι ασθενής, αλλά εάν δεν προβάλλουμε αντιρρήσεις κινδυνεύει η Κύπρος να αποκλειστεί από σημαντικό τμήμα της εξωτερικής πολιτικής και των εξωτερικών σχέσεων της Κοινότητας, ενώ παράλληλα η Τουρκία, λόγω της όλο και στενότερης συνεργασίας ΝΑΤΟ και ΕΕ και της εν τοις πράγμασι μετατροπής της ΕΠΑΑ σε παράρτημα των δράσεων της Συμμαχίας, να έχει μεγαλύτερη εμπλοκή στην ΕΠΑΑ, και κατ' επέκταση στην ΚΕΠΠΑ, από ένα κράτος μέλος».