Απροκάλυπτη παρέμβαση στο χαρακτήρα και το περιεχόμενο της εκπαίδευσης έκανε ο αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος, αξιώνοντας ουσιαστικά την ενίσχυση της θεολογικής διδασκαλίας και του «ελληνοχριστιανικού πνεύματος» στο όνομα διατήρησης των παραδόσεων και της «επιστροφής στις ρίζες». Η παρέμβαση του αρχιεπισκόπου προκάλεσε την αντίδραση του Προέδρου της Δημοκρατίας, ο οποίος διαφοροποιήθηκε όσον αφορά τις σημερινές ανάγκες της εκπαίδευσης.

«Είμαστε και δικαιούμαστε να είμαστε υπερήφανοι για την πίστη μας και την Εκκλησία μας, για τη φιλοσοφική μας αγωγή και παιδεία, για τα επιτεύγματα του ελληνοχριστιανικού μας πνεύματος», τόνισε ο Χριστόδουλος, μιλώντας στη διάρκεια εορταστικών εκδηλώσεων για τα 1.000 χρόνια της Ιεράς Μονής Σταγιάδων Καλαμπάκας. Τίποτα από αυτά, συνέχισε, δεν πρέπει να αλλάξουμε σήμερα, γιατί «οι λαοί στηρίζονται στις παραδόσεις τους και στις ρίζες τους». Αυτό, συμπλήρωσε, οφείλουμε και εμείς να πράξουμε, εάν δε θέλουμε να αφομοιωθούμε και να ξεριζωθούμε και να χαθούμε από το προσκήνιο της ιστορίας. Προχωρώντας ένα ακόμα βήμα, ζήτησε από την κυβέρνηση να προχωρήσει σε «διορθωτικές κινήσεις», ώστε «η εκπαίδευση να προσλάβει και πάλι τον ενισχυμένο ανθρωπιστικό της χαρακτήρα», εννοώντας προφανώς την ενίσχυση της θεολογίας. Δείχνοντας προς την πλευρά της κυβέρνησης, επισήμανε ότι «αυτή είναι η ευθύνη των κυβερνητών μας, οι οποίοι χαράσσουν την εκπαιδευτική πολιτική και προσδιορίζουν το περιεχόμενο της μόρφωσης που δίδεται στα σχολεία»(!).

Η παρέμβαση του αρχιεπισκόπου θεωρείται ως ένα ακόμα μέσο πίεσης προς την κυβέρνηση ώστε να προχωρήσει στην κατάθεση στη Βουλή του νομοσχεδίου για την εκκλησιαστική εκπαίδευση, το οποίο, μεταξύ άλλων, προβλέπει και την ανωτατοποίηση των Εκκλησιαστικών Σχολών.

Παίρνοντας το λόγο, στην ίδια εκδήλωση, ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κ. Στεφανόπουλος είπε ότι δε θα ήθελε να συμφωνήσει με την αναφορά του Αρχιεπισκόπου στα περί επιστροφής στις ρίζες, καθώς οι ρίζες μας πρέπει κυρίως να μας εμπνέουν. Τόνισε, επίσης, ότι «η εποχή μας έχει πολλές ανάγκες και είναι πολύ δύσκολο το έργο των εκάστοτε υπουργών Παιδείας, οι οποίοι πρέπει να προσδιορίσουν τις ανάγκες της εκπαίδευσης».

Απαντώντας σε ερώτηση του «Ρ», ο εκπρόσωπος του Αρχιεπισκόπου, αρχιμανδρίτης Επιφάνειος Οικονόμου, για τον αν η Εκκλησία θεωρεί ότι ο ενισχυμένος ανθρωπιστικός χαρακτήρας της εκπαίδευσης συνδέεται μόνο με το μάθημα των θρησκευτικών, είπε ανάμεσα στ' άλλα ότι δεν είναι μόνο θέμα θρησκευτικών, αλλά γενικότερης φιλοσοφίας της Παιδείας. Η Παιδεία έχει σήμερα, μονοδιάστατη διαδρομή, δημιουργεί τεχνοκράτες, υπολογιστικά μυαλά, ανθρώπους ικανούς στην τεχνολογία, στους ηλεκτρονικούς υπολογιστές, στις θετικές επιστήμες, λιγότερο όμως ικανούς να πλησιάσουν το συνάνθρωπο.

Κύκλοι του υπουργείου Παιδείας δε συνδέουν τα όσα είπε ο αρχιεπίσκοπος με το νομοσχέδιο για την εκκλησιαστική εκπαίδευση (σ.σ. την αναβάθμιση των εκκλησιαστικών σχολών σ' επίπεδο ΤΕΙ), που βαδίζει, όπως λένε, προς τη νομοπαρασκευαστική επιτροπή. Κύκλοι θεολογικών σχολών, από την άλλη πλευρά, «ανησυχούν» να μη θιχτεί η ιστορικότητα των εκκλησιαστικών σχολών, όπως λένε, από το νομοσχέδιο, ενώ επισημαίνουν την απουσία διαλόγου από πλευράς υπουργείου Παιδείας.