Ο επικίνδυνος για τα ελληνικά εθνικά συμφέροντα και αποσταθεροποιητικός γενικότερα για την περιοχή των Βαλκανίων ρόλος του ΝΑΤΟ βγαίνει με κάθε ευκαιρία στο προσκήνιο. Κατά καιρούς βγαίνουν στην επιφάνεια διάφορα ΝΑΤΟικά, ενδεικτικά των σχεδίων της λυκοσυμμαχίας, σενάρια. Το 1995 εμφανίστηκε σενάριο περί αυτονόμησης της Θράκης, που κατασκευάστηκε στα ΝΑΤΟικά επιτελεία υπό τη μορφή επιτελικής άσκησης. Αυτό προέβλεπε μερική αυτονόμηση της ελληνικής Θράκης, μετά από παρέμβαση του συμμαχικού παράγοντα. Το ελληνικό υπουργείο Αμυνας, στην προσπάθειά του να διασκεδάσει τις εντυπώσεις, δεν απέκλεισε την ύπαρξη τέτοιων σεναρίων, σε κατώτερα όμως κλιμάκια ίσως με τη μορφή ηλεκτρονικών παιχνιδιών...

Η ύπαρξη πάντως στα επιτελεία του ΝΑΤΟ τέτοιων σεναρίων αποσταθεροποίησης, που αφορούν την Ελλάδα, έχει μακρά πορεία. Συνήθως εμφανίζονται με ανεπίσημο μανδύα, όπως "εκπαιδευτική" μορφή. Να υπενθυμίσουμε ότι το 1986 στη στρατιωτική ακαδημία του ΝΑΤΟ στη Ρώμη είχε εμφανιστεί σενάριο που προέβλεπε την επιβολή δικτατορίας στην Ελλάδα. Ανάλογα σενάρια και εκτιμήσεις έχουν εμφανιστεί κατά καιρούς και από άλλα ΝΑΤΟικά επιτελεία. Τα σενάρια αυτά, ακόμα και αν έχουν χαρακτήρα "παιχνιδιού", σκιαγραφούν τους στόχους του ΝΑΤΟ και στέλνουν μηνύματα προς τις εμπλεκόμενες πλευρές.

Ο κίνδυνος ακόμα και στρατιωτικής επέμβασης του ΝΑΤΟ σε βάρος της Ελλάδας δεν είναι ένα μακρινό σενάριο. Να υπενθυμίσουμε την προτροπή που έκανε, κατά τη διάρκεια ομιλίας του το Σεπτέμβρη του 1995, ο τότε υφυπουργός Αμυνας Ν. Κουρής προς το επιτελείο της Σχολής Εθνικής Αμυνας, όπως "μέσα στα πλαίσια του προγράμματος, εξεταστεί, μεταξύ άλλων, και ο νέος ρόλος του ΝΑΤΟ σε επιχειρήσεις επιβολής ή διατήρησης της ειρήνης και τυχόν συνέπειες που θα έχει αυτή η μετεξέλιξη σε ενδεχόμενη κρίση στο Αιγαίο ή άλλες περιοχές του εθνικού μας χώρου".Η προτροπή αυτή ανταποκρίνεται πλήρως στο παραπάνω σενάριο για τη Θράκη, στο οποίο γίνεται λόγος για μερική αυτονόμηση της περιοχής και μετακινήσεις πληθυσμών, ώστε να σχηματιστούν "ομοιογενείς φυλετικά περιοχές". Η εφαρμογή του λοιπόν θα ήταν αποτέλεσμα ενεργού παρέμβασης των δυνάμεων του ΝΑΤΟ - μετά το ξέσπασμα ελληνοτουρκικής σύρραξης - για την επιβολή της δικής του "πρότασης ειρήνης".

Ο ίδιος σε συνέντευξή του στο "Ρ" είχε επισημάνει τον κίνδυνο βοσνιοποίησης ή γιουγκοσλαβοποίησης του Αιγαίου,με την έννοια ότι μια ανάφλεξη, μια θερμή σύγκρουση ανάμεσα σε Ελλάδα και Τουρκία θα δημιουργούσε τις προϋποθέσεις επεμβάσεως άλλων δυνάμεων στην περιοχή του Αιγαίου για να επιβάλουν την PAX AMERIKANA, όπως είχε πει χαρακτηριστικά.

Η άποψη ότι κάθε άλλο παρά συμβάλλει στην ασφάλεια της Ελλάδας η συμμετοχή της στο ΝΑΤΟ και τη Δυτικοευρωπαϊκή Ενωση είχε διατυπωθεί και από τον ναύαρχο Χρ. Λυμπέρη, όταν ακόμα ήταν αρχηγός ΓΕΕΘΑ. Σε ομιλία του είχε τονίσει ότι "οι Ελληνες αισθάνονται ανασφαλείς, παρά τη συμμετοχή της χώρας στο ΝΑΤΟ, τη ΔΕΕ και άλλους ισχυρούς συνασπισμούς και οργανώσεις" και είχε προσθέσει "αυτό που εκπλήσσει τους Ελληνες είναι η εκπληκτική αδιαφορία και οι επιλεκτικές ευαισθησίες που έδειξαν εδώ και είκοσι χρόνια οι εταίροι και σύμμαχοί τους στα δικά τους προβλήματα επιδεινώνοντάς τα". Μάλιστα, ο πρώην αρχηγός ΓΕΕΘΑ είχε κατήγγειλε τους συμμάχους ότι "επίσημα επιλέγουν την "ουδετερότητα" απέναντι σε κάθε νέα τουρκική αξίωση", πράγμα που - όπως είχε υπογραμμίσει - "στην πράξη ισοδυναμεί με υπονόμευση της σταθερότητας στην περιοχή". Ανάλογες αιχμές άφησε ο Χρ. Λυμπέρης και κατά την αποχώρησή του από τη θέση του αρχηγού ΓΕΕΘΑ. Αναφερόμενος στο ΝΑΤΟ και στις απαντήσεις που δίνει στις ελληνικές ανησυχίες μίλησε για "κυνικό ρεαλισμό, αν όχι εκβιασμό".