"Φρένο" στη λειτουργία του θεσμού της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης βάζει το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) και πετσοκόβει τις περισσότερες αρμοδιότητες που παραχωρούνταν στην Τοπική Αυτοδιοίκηση δεύτερου βαθμού με το νόμο 2218/94. Το Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο έκρινε αντισυνταγματικό, όχι μόνο το νόμο 2218/94, αλλά και όλους τους μεταγενέστερους (2240/1994, 2307/95 και 2396/1996), που μεταβίβαζαν αρμοδιότητες στους ΟΤΑ δεύτερου βαθμού, με το σκεπτικό πως αντιβαίνουν στα άρθρα 101 και 102 του Συντάγματος.

Σύμφωνα με το δικαστήριο, η μεταφορά των αρμοδιοτήτων στους ΟΤΑ δεύτερου βαθμού (Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση) αποτελεί αναίρεση της διάκρισης των εξουσιών, οι οποίες κατοχυρώνονται από το Σύνταγμα σε γενικές - κρατικές και τοπικές, ενώ με το νόμο για μεταφορά αρμοδιοτήτων 2218/94, κατά το ΣτΕ, όλες οι δημόσιες υποθέσεις ανάγονται σε τοπικές.

Στο σκεπτικό της απόφασης του ΣτΕ, επισημαίνεται επίσης ότι καταλύεται στην περιφέρεια η κρατική αποκεντρωμένη διοίκηση και παραμένουν μόνο "σκιώδεις" αρμοδιότητες, μερικές από τις οποίες αφορούν υπουργεία, τα οποία δεν έχουν ποτέ αποκεντρωθεί, όπως είναι το Εσωτερικών και Δικαιοσύνης.

Σχετικά με την παραχώρηση των αρμοδιοτήτων, το Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο παρατηρεί πως έπρεπε μεν να παραχωρηθούν ορισμένες αρμοδιότητες της κρατικής διοίκησης στην Τοπική Αυτοδιοίκηση δεύτερου βαθμού, αλλά θα έπρεπε να γίνει είτε με το αναγραφούν στο νόμο 2218/94 είτε να εκδοθούν Προεδρικά Διατάγματα.

Στο ΣτΕ είχε προσφύγει η Διδασκαλική Ομοσπονδία Ελλάδας (ΔΟΕ) και ζητούσε να ακυρωθεί πράξη του νομάρχη Βοιωτίας, που προβλέπει τη συγκρότηση Γενικής Διεύθυνσης Κοινωνικών Υπηρεσιών, η οποία θα έχει όλες τις αρμοδιότητες που έχουν μεταβιβαστεί στους αιρετούς νομάρχες. Επομένως, ο νεοσυσταθείς οργανισμός της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Βοιωτίας, σύμφωνα με το ΣτΕ, δεν ισχύει, καθώς ο νόμος 2218/94 κρίθηκε αντισυνταγματικός.