Το 1999 μπήκε τυπικά και ουσιαστικά σε πλήρη εφαρμογή η νέα δομή του ΝΑΤΟ που προβλέπει τη λειτουργία στη Νότια Πτέρυγα τεσσάρων υποστρατηγείων, της Λάρισας στην Ελλάδα, της Σμύρνης στην Τουρκία, της Βερόνας στην Ιταλία και της Μαδρίτης στην Ισπανία. Τα στρατηγεία αυτά δεν έχουν όρια επιχειρησιακής ευθύνης, όλη η περιοχή της Νότιας Πτέρυγας αποτελεί για το ΝΑΤΟ ενιαίο αμυντικό χώρο που ελέγχεται κατ' αρχήν από το στρατηγείο της Νάπολης στην Ιταλία.

Ετσι από το Σεπτέμβρη λειτουργεί και επίσημα το Στρατηγείο της Λάρισας. Με την ίδρυση και την ενεργοποίηση του Στρατηγείου της Λάρισας η εθνική ανεξαρτησία και τα κυριαρχικά δικαιώματα της χώρας μπαίνουν υπό περιορισμό. Το Αιγαίο, θαλάσσιος και εναέριος χώρος, μετατρέπεται για το ΝΑΤΟ σε μια «γκρίζα περιοχή» και τίθεται εκτός ελληνικής αρμοδιότητας. Το κεντρικό στρατηγείο της Νάπολης θα μπορεί κατά περίπτωση να εκχωρεί τον επιχειρησιακό έλεγχο είτε στη Λάρισα είτε στη Σμύρνη. Το αποτέλεσμα είναι ο χώρος του Αιγαίου, περιλαμβανομένων και των ελληνικών νησιών που είναι διάσπαρτο και των ζωτικών διαύλων προς αυτά από και προς την ηπειρωτική Ελλάδα, να μην ελέγχεται επιχειρησιακά από τις ελληνικές Ενοπλες Δυνάμεις.

Με τη λειτουργία του Στρατηγείου της Λάρισας κλείνει σε βάρος των ελληνικών κυριαρχικών δικαιωμάτων μια περίοδος διαρκούς εκκρεμότητας στις σχέσεις της Ελλάδας με το ΝΑΤΟ. Περίοδος που ξεκίνησε το 1980 με τη Συμφωνία Ρότζερς περί επανένταξης της Ελλάδας στο στρατιωτικό σκέλος του ΝΑΤΟ, από το οποίο είχε αποχωρήσει στο 1974, λόγω της τουρκικής εισβολής στην Κύπρο. Από το 1980 και μετά έμεινε σε εκκρεμότητα το θέμα της επαναλειτουργίας του στρατηγείου της Λάρισας, λόγω των τουρκικών αντιρρήσεων σε σχέση με τα όρια ευθύνης του. Μέχρι το 1974 το στρατηγείο της Λάρισας κάλυπτε επιχειρησιακά όλη την ελληνική επικράτεια και το σύνολο του ελληνικού FIR στο Αιγαίο, αντίστοιχα αυτό της Σμύρνης κάλυπτε την τουρκική επικράτεια.

Αυτά συμβαίνουν στα πλαίσια του ΝΑΤΟ και έχουν αποτέλεσμα να εδραιώνεται μια κατάσταση αμφισβήτησης, όχι μόνο των ελληνικών κυριαρχικών δικαιωμάτων που είναι κατοχυρωμένα από το διεθνές δίκαιο, αλλά και των ίδιων των συνόρων. Πράγμα που εξάλλου ήρθε να επιβεβαιώσει και η απόφαση του Ελσίνκι που αναγνωρίζει «συνοριακά διαφορές». Ανοίγει έτσι ο δρόμος για διχοτόμηση του Αιγαίου με την επιβολή ενός καθεστώτος ελληνοτουρκικής συγκυριαρχίας υπό την αμερικανική επικυριαρχία.

Υπό αυτές τις συνθήκες και τα περιβόητα Μέτρα Οικοδόμησης Εμπιστοσύνης (ΜΟΕ) μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας που προωθούσαν μέσω του ΝΑΤΟ οι Αμερικάνοι στο Αιγαίο, δεν έχουν πλέον κανένα νόημα, αφού αυτό που επιδίωκαν μέσω της εφαρμογής τους, δηλαδή ο αποχρωματισμόςτου Αιγαίου και το σταδιακό πέρασμα σε ένα καθεστώς συγκυριαρχίας, πραγματοποιείται εκ των πραγμάτωνμε την εφαρμογή της νέας δομής. Δεν είναι δε τυχαίο, ότι μετά τη συμφωνία και την αποδοχή από την ελληνική πλευρά των όρων για τη νέα δομή του ΝΑΤΟ και τη λειτουργία των στρατηγείων, η δραστηριότητα της τουρκικής πολεμικής αεροπορίας στο Αιγαίο και οι συνακόλουθες παραβιάσεις και παραβάσεις του ελληνικού εναέριου χώρου και του FIR Αθηνών έχουν μειωθεί κατακόρυφα.