Την αντίθεσή τους στην ίδρυση Προγραμμάτων Σπουδών Επιλογής (ΠΣΕ) εκφράζουν οι διοικητικοί υπάλληλοι των Πανεπιστημίων, με απόφαση της Ομοσπονδίας τους. Το Κεντρικό Συμβούλιο της Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Διοικητικού Προσωπικού Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΠΟΔΠ ΑΕΙ) έχει ταχθεί ομόφωνα εναντίον της ίδρυσης των ΠΣΕ και κάνει λόγο για "αμφίβολο επιστημονικό περιεχόμενο", καθώς "η μελέτη και θεσμοθέτησή τους δε γίνεται μέσα από διεξοδική διαδικασία, στη βάση των αναγκών της επιστήμης και της κοινωνίας, καθώς και των δυνατοτήτων του κάθε ΑΕΙ". Επισημαίνει, επίσης, ότι "μέσω των ΠΣΕ ανοίγει ο δρόμος για την ιδιωτικοποίηση της Ανώτατης Εκπαίδευσης καθώς και για την παραγωγή μισο - ειδικευμένου επιστημονικού προσωπικού για την κάλυψη άμεσων και βραχυπρόθεσμων αναγκών των διαφόρων επιχειρήσεων", κρίνει, επίσης, ότι "τα προγράμματα αυτά είναι μια νέα μορφή εκμετάλλευσης των ελπίδων των νέων μας που επιθυμούν την απόκτηση ενός πτυχίου ΑΕΙ και απλά, μέσω των ΠΣΕ, μεταφέρουν την ανεργία τους κατά μερικά χρόνια αργότερα".

Το Κεντρικό Συμβούλιο της ΠΟΔΠ ΑΕΙ, όπως εξηγεί σε ανακοίνωσή του, επανέρχεται στο θέμα των ΠΣΕ, με αφορμή το αδιέξοδο που έχει δημιουργηθεί στο Πολυτεχνείο Κρήτης και ζητά την άμεση παρέμβαση του υπουργείου Παιδείας για τη λήξη του αδιεξόδου, την εξασφάλιση της λειτουργίας των διοικητικών υπηρεσιών και συνολικά του Ιδρύματος, καθώς και την προώθηση νομοθετικής ρύθμισης, εφόσον απαιτείται, για τη μη προώθηση των ΠΣΕ στα ΑΕΙ.