Ο Χρ. Πρωτόπαπας σημειώνοντας αρχικά ότι «υπάρχει μια σαφής τοποθέτηση του πρωθυπουργού απέναντι σε αυτά τα φαινόμενα», ανέφερε στη συνέχεια ότι «πρόκειται για μια κλασική περίπτωση κατάχρησης κρατικής εξουσίας». Για να συμπληρώσει: «Είναι μια κλασική περίπτωση γραφειοκρατίας». Επισήμανε δε ότι «δόθηκε εντολή να κινηθούν οι σχετικές διαδικασίες παραγραφής και να ληφθούν όλα τα αναγκαία μέτρα, όπως τόνισε και ο αρμόδιος υπουργός Γ. Παπαντωνίου, προκειμένου να μην επαναληφθούν τέτοια φαινόμενα. Και αυτή θα είναι και η εξέλιξη».

Προφανώς όμως όλα αυτά δεν αφορούν την υπόθεση του Δ. Βάγια αλλά τις άλλες ανάλογου χαρακτήρα «εκκρεμούσες» υποθέσεις. Ο υπουργός Τύπου, όταν ρωτήθηκε ξανά αν ο Δ.Βάγιας -ανεξάρτητα από το ποια θα είναι η απόφαση- θα πάει ή δε θα πάει στο Στρατοδικείο, μίλησε γενικόλογα «για εντολές που έχουν δοθεί αυτή τη στιγμή» και υποστήριξε ότι «πιθανόν να μην έχει φθάσει η σχετική εντολή στο αρμόδιο όργανο αλλά, νομίζω ότι και αυτό θα γίνει», χωρίς όμως να διευκρινίσει τι ακριβώς αφορά αυτή η εντολή.

Ερμηνεύοντας ο υπουργός Τύπου τη συμπεριφορά των συγκεκριμένων κρατικών οργάνων σημείωσε ότι «δε θα του κάνουμε και ψυχογράφημα» και υποστήριξε ότι προφανώς «ενήργησε κάτω από τη λογική του τι λέει το χαρτί, αλλά, δεν μπορούμε να ενεργούμε έτσι. Είναι σαφές ότι ο αρμόδιος λειτουργός πρέπει να αναλαμβάνει και ευθύνη επί της ουσίας».

Είναι σαφές πάντως ότι αν εφαρμόζονταν οι υπάρχοντες νόμοι, η υπόθεση δε θα έπρεπε να υφίσταται καν και σε κάθε περίπτωση να είχε λήξη χωρίς δεύτερη κουβέντα, στο βαθμό που επρόκειτο για «γραφειοκρατικό λάθος». Ο νόμος 1863 του 1989, που δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 204 στις 18 Σεπτέμβρη 1989, περί άρσης των συνεπειών του εμφυλίου πολέμου 1944-1949, στο άρθρο 2 αναφέρει ξεκάθαρα: «Αίρονται οι οποιεσδήποτε συνέπειες από καταδίκες αγωνιστών της Εθνικής Αντίστασης και όσων έλαβαν μέρος στον εμφύλιο πόλεμο, που επιβλήθηκαν από κακουργοδικεία, εφετεία, τακτικά ή έκτακτα στρατοδικεία, ναυτοδικεία ή αεροδικεία για πράξεις που είχαν σχέση με τη συμμετοχή τους στην Εθνική Αντίσταση και τον εμφύλιο πόλεμο καθώς επίσης με τα κοινωνικά τους φρονήματα και γενικότερα με την κατά διαστήματα πολιτική ανωμαλία από την απελευθέρωση και μέχρι 24 Ιουλίου 1974, οι δε ποινές διαγράφονται από τα δελτία του ποινικού μητρώου».

Είναι προφανές λοιπόν ότι η άρνηση των οργάνων της Στρατιωτικής Δικαιοσύνης να εφαρμόσουν το νόμο συνιστά ανυπακοή στο Σύνταγμα και τους νόμους. Και βεβαίως είναι δικολαβίστικο σόφισμα και δεν μπορεί να σταθεί πουθενά, ο ισχυρισμός ότι ο εν λόγω νόμος αφορά τις καταδικαστικές αποφάσεις και ότι οι «εκκρεμούσες» δικογραφίες, όπως του Δ. Βάγια, πρέπει να κλείσουν δικαστικά και εκεί να εφαρμοστεί ο νόμος περί άρσης των συνεπειών του εμφυλίου. Ταυτόχρονα γεννάται θέμα σχετικά με το κατά πόσον έχουν εκδοθεί από το υπουργείο Δικαιοσύνης οι αναγκαίες εγκύκλιοι εφαρμογής του νόμου 1863/89. Σε κάθε περίπτωση το θέμα είναι πολιτικό και την ευθύνη έχει η κυβέρνηση και ο αρμόδιος υπουργός Εθνικής Αμυνας, που δε ζήτησε αμέσως την εξαίρεση από το Στρατοδικείο της δικογραφίας του Δ. Βάγια - ούτε μέχρι στιγμής έχει ανακοινωθεί ότι έγινε κάτι τέτοιο - και έμεινε έτσι ανοιχτό το ενδεχόμενο διεξαγωγής μιας δίκης - φάρσας.