Ενστάσεις για τη συνταγματικότητα μιας σειράς διατάξεων του «τρομονόμου» εκφράζει και η Επιστημονική Υπηρεσία της Βουλής στην έκθεσή της η οποία συνοδεύει το νομοσχέδιο.

Στην έκθεση και σχετικά με το ευρωπαϊκό ένταλμα έκδοσης, αναφέρεται ότι κατά το Σύνταγμα όταν μια «πράξη υπάγεται στην αρμοδιότητα των ελληνικών δικαστηρίων η τυχόν παράδοση συνιστά απεμπόληση εθνικού κυριαρχικού δικαιώματος».

Η Επιστημονική Υπηρεσία της Βουλής εκτιμά ότι υπάρχει υποχρέωση εκτέλεσης του ευρωπαϊκού εντάλματος σύλληψης «αν η Ελλάδα δεν μπορεί να εκτελέσει την ως άνω ποινή ή το μέτρο ασφαλείας, επειδή π.χ. η πράξη δεν είναι αξιόποινη στη χώρα ή επειδή δεν προβλέπεται τέτοιου είδους μέτρο ασφαλείας. Αυτό όμως σημαίνει ότι θα παρέχεται η δυνατότητα να εκτελείται ένταλμα σε βάρος ημεδαπού ακόμα και για πράξεις τις οποίες μπορεί να τελεί στη χώρα μας ατιμωρητί».

Στην έκθεση αναφέρεται ότι επιφυλάξεις προκαλεί η σχετική διάταξη του νομοσχεδίου σύμφωνα με την οποία το Ευρωπαϊκό Ενταλμα Σύλληψης εκτελείται όταν στο κράτος που το εξέδωσε δεν έχει ασκηθεί ακόμη ποινική δίωξη αλλά εκδόθηκε «προκειμένου να ασκηθεί ποινική δίωξη».

Επίσης τονίζεται ότι δε δικαιολογείται η εγκατάλειψη του «διπλού αξιόποινου», δηλαδή η πράξη για την οποία ζητείται η έκδοση να διώκεται και στο κράτος από το οποίο ζητείται η έκδοση και σε αυτό στο οποίο εκδίδεται κάποιος.

Συμπερασματικά για το Ευρωπαϊκό Ενταλμα Σύλληψης η επιτροπή αναφέρει: «Αν το πρόσωπο εναντίον του οποίου έχει εκδοθεί το ένταλμα διώκεται στην Ελλάδα για την ίδια αξιόποινη πράξη, η άρνηση εκτέλεσης είναι δυνητική ενώ θα έπρεπε να είναι υποχρεωτική, καθόσον διαφορετικά απεμπολείται ημεδαπό κυριαρχικό δικαίωμα αλλά και υποχρέωση πραγμάτωσης του κράτους δικαίου εκ μέρους της πολιτείας.

Για τον τρομονόμο η Επιστημονική Υπηρεσία αναφέρει ότι επιστημονικά κάθε προσπάθεια διατύπωσης ενός πλήρους ορισμού της τρομοκρατίας είναι εκ προοιμίου επιστημολογικά ατυχής αφού δεν μπορεί να περιέχει με σαφήνεια όλα τα στοιχεία της έννοιας. Τονίζει ότι στο σχέδιο νόμου υπάρχει «αφόρητη χρήση αορίστων εννοιών» και αναφέρει: «Πότε βλάπτεται "σοβαρά" μια χώρα και πότε όχι; Πότε εκφοβίζεται "σοβαρά" ένας πληθυσμός και πότε όχι;». Σε όλα τα παραπάνω, αναφέρει, «εμφιλοχωρεί το ενδεχόμενο υπερβολικής διεύρυνσης του αξιόποινου».

«Αξιολογική αντινομία» κατά την Επιτροπή συνιστά η τιμωρία σε βαθμό κακουργήματος όποιου εντάσσεται σε «εγκληματική οργάνωση με σκοπό να τελέσει πλημμέλημα».