Στην προετοιμασία κατάρτισης του Ειδικού Προγράμματος Τοπικής Αυτοδιοίκησης (ΕΠΤΑ), όπου - σύμφωνα με το νόμο για τη Συγκρότηση της Πρωτοβάθμιας Αυτοδιοίκησης - συγκεντρώνονται και κατανέμονται τα κονδύλια προς το θεσμό, προχωρά το υπουργείο Εσωτερικών. Το συγκεκριμένο πρόγραμμα έχει πενταετή διάρκεια (1998 - 2002), με ενδεχόμενη παράταση δύο χρόνων, και με βάση αυτό θα χρηματοδοτούνται οι νέοι δήμοι που προέκυψαν με τον "Καποδίστρια".

Ωστόσο, σύγχυση υπάρχει σχετικά με τον τρόπο και τα κριτήρια κατανομής των κονδυλίων του ΕΠΤΑ, όπου θα περιλαμβάνονται όλοι οι λογαριασμοί των υπουργείων που δίνονταν, με αδιαφανή επίσης κριτήρια, στους Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης (ΟΤΑ). Πάντως η εμπειρία - η παρακράτηση από την κεντρική διοίκηση, από το 1990 μέχρι σήμερα, 1,5 περίπου τρισ. δραχμών, θεσμοθετημένων υπέρ του θεσμού πόρων - δείχνει το δρόμο που θα ακολουθήσει η κυβέρνηση σ' ό,τι αφορά τη χρηματοδότηση των νέων δήμων και κοινοτήτων.