Την ακύρωση των αποφάσεων με τις οποίες κηρύχτηκε η αναγκαστική απαλλοτρίωση των ακινήτων στην περιοχή του Μακρυγιάννη για την ανέγερση του Μουσείου της Ακρόπολης, ζητάει ο Σύλλογος Αρχιτεκτόνων και η Πανελλήνια Ενωση Αρχιτεκτόνων, με προσφυγή που κατέθεσαν στο Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ), κατά των υπουργών Πολιτισμού Θ. Μικρούτσικου και Οικονομικών Αλ. Παπαδόπουλου.

Η επιλογή της θέσης Μακρυγιάννη υιοθετήθηκε από διεθνή διαγωνισμό, ωστόσο, ο διαγωνισμός αυτός ακυρώθηκε από την Ολομέλεια του ΣτΕ.

Οι αρχιτέκτονες θεωρούν ότι η απόφαση για αναγκαστική απαλλοτρίωση των ακινήτων στην περιοχή του Μακρυγιάννη είναι παράνομη, γιατί παραβιάζει το άρθρο 26 του Συντάγματος και έρχεται σε αντίθεση με το νόμο "περί αναγκαστικής απαλλοτρίωσης ακινήτων προς συντήρηση και ανεύρεση αρχαιοτήτων".

Επίσης, στην προσφυγή τους προς το ΣτΕ οι αρχιτέκτονες επισημαίνουν: Δεν υπάρχει γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου. Η απαλλοτρίωση είναι παράνομη, γιατί αφορά ιδιοκτησίες που έχουν χαρακτηριστεί παραδοσιακό τμήμα της πόλης των Αθηνών. Οι προσβαλλόμενοι παραβιάζουν το άρθρο 24 του Συντάγματος "περί προστασίας του πολιτιστικού περιβάλλοντος".